การรักษาโรคลำไส้แปรปรวนทำได้หลายอย่าง แต่ส่วนใหญ่เป็นการรักษาตามอาการ ทำให้หายชั่วคราว ยังไม่มีวิธีรักษาให้หายขาดได้ แนวทางในการรักษาในปัจจุบันได้แก่

• การรักษาด้วยยา

อาจต้องใช้ยาหลายกลุ่มร่วมกัน เนื่องมีหลายกลุ่มอาการ และการตอบสนองต่อยาของแต่ละคนก็แตกต่างกัน ทำให้บางครั้งต้องใช้วิธีปรับยาหลายครั้ง ทั้งนี้แพทย์ต้องติดตามการรักษา และซักถามอาการจากผู้ป่วยอย่างละเอียด เพื่อวางแผนการรักษาอย่างถูกต้อง

• การติดตามการรักษา

ในระยะแรก แพทย์อาจต้องติดตามการรักษาอย่างใกล้ชิด ผู้ป่วยต้องเล่าอาการ นิสัยความเป็นอยู่ การรับประทาน รวมไปถึงประวัติทุกอย่างที่อาจมีผลต่อลำไส้ ซึ่งจะทำให้แพทย์วางแผนการรักษาง่ายขึ้น เช่น บางคนอาจแพ้อาหารบางอย่าง หรือมีปัญหาย่อยอาหารกลุ่มนมไม่ได้ (lactose intolerance)มีรายงานว่าความเครียด และโรคซึมเศร้าก็เป็นสาเหตุของอาการของลำไส้แปรปรวนได้ ดังนั้นผู้ป่วยควรมีสมุดบันทึกอาการและเรื่องเหล่านี้อย่างละเอียดเพื่อประโยชน์ในการรักษา

มีข้อสันนิษฐานว่า อาการโรคลำไส้แปรปรวนของผู้ป่วยกลุ่มหนึ่งมีสาเหตุจากปัญหาการย่อย หรือแพ้อาหาร จึงมีคำแนะนำให้หลีกเลี่ยงอาหารที่อาจเป็นสาเหตุหรืออาหารที่แพ้ โดยแพทย์จะแนะนำให้ลองหลีกเลี่ยงอาหารบางกลุ่ม ได้แก่

• อาหารกลุ่มนม เพราะพบคนที่มีปัญหาย่อยอาหารกลุ่มนมได้บ่อย (มีอาการ คือ กินนมแล้วท้องเสีย หรือท้องอืด)
• อาหารที่ทำให้เกิดลมในท้อง เช่น ถั่วเมล็ดแห้ง ดอกกะหล่ำ บรอกโคลี กะหล่ำปลี หัวหอม แคร์รอต ลูกเกด กล้วย แอพริคอท ลูกพรุน ถั่วงอกหรือแป้งสาลี เป็นต้น ซึ่งอาหารเหล่านี้อาจทำให้เกิดอาการปวดบีบได้
• อาหารที่ย่อยยาก เช่น ผักบางอย่าง เนื้อบางอย่าง ของมัน ของทอด

โดยแพทย์มักจะแนะนำให้คนไข้ที่เป็นโรคลำไส้แปรปรวน เลือกรับประทานอาหารกลุ่ม low FODMAP diet (กลุ่มอาหารที่ไม่ส่งเสริมการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในลำไส้หรือส่งเสริมน้อย) ซึ่งจะช่วยลดอาการของลำไส้แปรปรวนได้อย่างไรก็ตามขึ้นอยู่กับแต่ละคน บางคนอาจไม่เกี่ยวกับอาหารใดๆ เลยก็ได้  ดังนั้นจึงควรจดบันทึกอาหารแต่ละมื้ออย่างละเอียด ร่วมกับจดบันทึกอาการที่เป็น อาจทำให้ค้นหาอาหารที่ทำให้เกิดอาการได้ชัดเจนขึ้น

แพทย์อาจแนะนำให้รับประทานอาหารที่มีกากไยหรือไฟเบอร์ (fiber) มากขึ้น ซึ่งมักให้ผลดีในผู้ป่วยกลุ่มที่ปวดท้องแบบท้องผูก รวมถึงในกลุ่มที่ท้องเสียบางราย บางครั้งอาจต้องพิจารณาให้ไฟเบอร์ทางการแพทย์ โดยเชื่อว่าไฟเบอร์ทำให้ลำไส้บีบตัวได้ดีขึ้น

• ลดความเครียด หรือแก้ปัญหาภาวะซึมเศร้า

ความเครียด ความกังวล และภาวะซึมเศร้าอาจทำให้อาการของโรคลำไส้แปรปรวนแย่ลง การปรึกษากับจิตแพทย์เพื่อลดปัญหาทางจิตใจดังกล่าวสามารถทำให้อาการของโรคนี้ดีขึ้นได้

• ออกกำลังกาย

การออกกำลังกายสม่ำเสมอช่วยในการทำงานของลำไส้ดีขึ้นได้